Pertumbuhan dan perkembangan masyarakat Kota Baubau sebagai ibu kota Kabupaten Buton dan pusat Kesultanan Buton di era tahun 70-an sangat mempengaruhi ketersediaan sarana atau prasarana kebutuhan primer masyarakat, salah satu diantaranya adalah kebutuhan di bidang pendidikan ( sekolah ). Sampai dengan tahun 1970 sekolah yang ada di kota Baubau untuk tingkat tertinggi baru 1 Sekolah. Desakan kebutuhan tamatan SLTP tersebut untuk melanjutkan pendidikan ketingkatan yang lebih tinggi merupakan sebuah tantangan yang harus segera di jawab oleh masyarakat dan pemerintah.
Atas komitmen bersama antara pemerintah di kala itu masih di pimpin oleh Bupati Buton dan masyarakat, maka dibukalah sebuah Sekolah Lanjutan Tingkat Atas diberi nama SMA Negeri 2 Baubau, dibuatlah sebuah bangunan untuk tempat berlangsungnya PBM dan bangunan ini terdiri dari 15 ruang belajar, 1 ruang kepala sekolah, 1 laboratorium Fisika, 1 laboratorium Kimia, 1 ruang dewan guru, 1 ruangan gudang dan 2 WC siswa.
Pada tahun 1977 SMAN 2 Baubau menerima murid baru sebanyak 8 kelas, oleh karena bangunan ruang kelas belum rampung pembangunannya maka siswa kelas satu tersebut melaksanakan kegiatan proses belajar mengajar di SMAN 1 Baubau pada tengah hari (jam 13.00 sampai 17.30) dengan tenaga pengajar sebanyak 6 orang termasuk kepala sekolah. Pada tahun 1978 penerimaan siswa baru dan semua kegiatan proses belajar mengajar baik kelas satu maupun kelas dua sudah dilakukan digedung SMAN 2 Baubau.
Dalam perjalanan panjangnya, SMAN 2 Baubau telah banyak mengalami pergantian pimpinan ( Kepala Sekolah ) dan sampai saat ini sudah berjumlah 8 orang Kepala Sekolah yang memimpin sekolah ini yaitu:
| NAMA | PERIODE TUGAS |
|---|---|
| 1. H.MUHAMMAD MISBAH,BA | 1979 s.d. 1981 |
| 2. Drs. MUSA AWI | 1981 s.d. 1994 |
| 3. Hj. HINGDONG ISMAIL, BA | 1994 s.d. 1997 |
| 4. Drs. H. LA ODE MUIZU | 1997s.d. 2002 |
| 5. Drs. H. MUCHTAR DAHLAN | 2002 s.d. 2008 |
| 6. Drs. LA UDU, MM.Pd | 2008 s.d. 2013 |
| 7. Drs. H. LA ODE ZULKIFLI | 2013 s.d. 2014 |
| 8. MUHAMMAD RADI, S.Pd, MM.Pd | 2014 s.d. 2021 |
| 7. Drs. HASMA RAMLI, M.Pd | 2021 s.d. 2022 |
| 8. LA HIDI, S.Pd, M.Pd | 2022 s.d. Sekarang |
Demikian pula sarana prasarana yang dimiliki, disamping bertambah jumlahnya juga terjadi peningkatan kualitas, disamping itu juga terus dibangun ruangan-ruangan penunjang seperti laboratorium IPA, bahasa dan komputer serta sarana ibadah.Dengan adanya ruangan-ruangan penunjang tersebut yang dilengkapi dengan alat-alat dan bahan praktek, maka ikut pula menambah pola pendekatan PBM yang dilaksanakan oleh para guru.
Semula Proses Belajar Mengajar (PBM) hanya dilaksanakan secara manual, dengan pendekatan metode ceramah yang dominan, sekarang sebagian besar guru telah menggunakan Laptop dan Infokus dalam melaksanakan PBM.